In de niet-biologische landbouw krijgen veel dieren medicijnen toegediend om ervoor te zorgen dat ze niet ziek worden. In de biologische landbouw mogen medicijnen alleen gebruikt worden als dieren echt ziek zijn. Het is daar wel toegestaan om dieren in te enten met antigenen van ziekteverwekkers.
Zowel dieren in de biologische landbouw als die in de niet-biologische kunnen ziek worden. Salmonella, Q-koorts en vogelgriep zijn ziektes waarmee landbouwdieren besmet kunnen zijn. De ziekteverwekkers ervan kunnen ook gevaarlijk zijn voor mensen.